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fMRIの賦活部位でネットワーク解析

前々からやりたいと思っていたfMRIの賦活部位を有向グラフに変形して

それに対してネットワーク解析をする計画にめどが立った。


材料:

1.Xmedcon
ーDicomをAscii画像配列に変換するフリーソフト
ubuntuだとパッケージマネージャーに入ってる

2.Dicomファイル
ー外部トリガーを使って、時間分解能をよくしたデータ

3.ダイナミックベイジアンネットワークを作れるRパッケージ
ーRpyでハンドルする感じ

4.ネットワーク解析用モジュール
ーNetworkxでもいいし、igraphでもいいし。
ーせっかくだから、自分で作ったライブラリでもいい。


先行研究だと

連合野←→賦活部位の研究が多かったけど

ネガティブBOLD←連合野→ポジティブBOLDの研究をやってみようと思う。


*元ネタは
Discrete dynamic Bayesian network analysis of fMRI data
J Burge, T Lane, H Link, S Qiu, VP Clark - Human Brain Mapping, 2009

Network analysis of intrinsic functional brain connectivity in Alzheimer's disease
K Supekar, V Menon, D Rubin, M Musen, MD Greicius - PLoS Computational Biology, 2008

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