fMRIの賦活部位でネットワーク解析
前々からやりたいと思っていたfMRIの賦活部位を有向グラフに変形して
それに対してネットワーク解析をする計画にめどが立った。
材料:
1.Xmedcon
ーDicomをAscii画像配列に変換するフリーソフト
ーubuntuだとパッケージマネージャーに入ってる
2.Dicomファイル
ー外部トリガーを使って、時間分解能をよくしたデータ
3.ダイナミックベイジアンネットワークを作れるRパッケージ
ーRpyでハンドルする感じ
4.ネットワーク解析用モジュール
ーNetworkxでもいいし、igraphでもいいし。
ーせっかくだから、自分で作ったライブラリでもいい。
先行研究だと
連合野←→賦活部位の研究が多かったけど
ネガティブBOLD←連合野→ポジティブBOLDの研究をやってみようと思う。
*元ネタは
Discrete dynamic Bayesian network analysis of fMRI data
J Burge, T Lane, H Link, S Qiu, VP Clark - Human Brain Mapping, 2009
Network analysis of intrinsic functional brain connectivity in Alzheimer's disease
K Supekar, V Menon, D Rubin, M Musen, MD Greicius - PLoS Computational Biology, 2008