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Ubuntuで自分の開発環境を整えると Ver1.0

なんだか、WubiでWindowsにインストールしたUbuntuの調子が非常に悪かったので

直接、ubuntuをインストールことにした。

というわけで、自分が使う環境をどこかにメモっといた方が

のちのち便利だと思ったので、メモ。
#気のせいかもしれないが、動きが早くなった気がする。


1.自分の使う言語の環境を整える

Python、R、Fortran95あたりの環境を整える。

・なにはともあれ、Subversion

sudo apt-get install subversion

・Rのインストール

こちらを参照↓

http://www.okada.jp.org/RWiki/index.php?R%20%A4%CE%A5%A4%A5%F3%A5%B9%A5%C8%A1%BC%A5%EB#pbac840c

Rに入って

install.packages("kernlab")

install.packages("G1DBN")

install.packages("fSeries")

Bioconductor

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite()

EclipseをつかったPythonの環境設定。

sudo apt-get install eclipse eclipse-pydev

Python自体の使用環境をよくするもの(Easy_installとJIT

sudo apt-get install python-setuptools python-psyco

Pythonで統計解析に使うもの(線形代数+Rインターフェイス)

sudo apt-get install python-numpy python-scipy

・Rpy2

http://sourceforge.net/project/downloading.php?group_id=48422&filename=rpy2-2.0.4.tar.gz&a=78862365

Pythonでネットワーク解析に使うもの(Networkx)

sudo apt-get install python-networkx

Python自然言語処理に使うもの(Python-MecabPython-google、feedparser)

こちらのサイトを参照

http://d.hatena.ne.jp/shohu33/20090216/1234781661

・Web関連で使うもの

sudo apt-get install python-django
#pinax

・アプリをつくるためのもの

sudo apt-get install python-tk python-wxgtk2.8 python-wxtools python-wxaddons wx2.8-i18n

Nodeboxをいれる(Qt4をいれて、すでにGUIを作るツールキットが3個入ってるけど、きにしない。。)

sudo apt-get install pyqt4-dev-tools

svn co http://dev.nodebox.net/svn/nodebox/branches/try-qt/

ここら辺までくると、R関連でgFortranが入っていたり、

他のパッケージに依存してPylabとかPILとかが入っている

入れるものが減ってくる。


最後に
・Impressive(Python用のプレゼンテーションソフト)

http://impressive.sourceforge.net/

python-bibtexとpybliographer(文献管理)

sudo apt-get install python-bibtex pybliographer

・medconとxmedcon(医療用画像)

sudo apt-get install medcon xmedcon

・日本語PDFを読めるようにする

以下を参考に
http://d.hatena.ne.jp/tekiomo/20080413/1208071473


まだまだ、ある気がするけど

こんくらいで大体揃う。

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