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データマイニングやその周辺のお話を書くブログ

Rでダイナミックベイジアンネットワーク

日本語で検索してあまり出てこなかったから、とりあえずメモ。

以前はWindowsでPython→Rっていう形でダイナミックベイジアンネットワークを

使っていたのだけど、開発環境をUbuntuに変えたので、再インストール。

(でも、割とGUIに頼った生活をしていたので、GUIのないRはきつい)


Rでダイナミックベイジアンネットワークを使うためのパッケージには

G1DBNというパッケージがあり、基本的にPythonとRの2択しか

選べない自分にとっては、Rでできることはとてもありがたい。

PythonにもMocapyというダイナミックベイジアンが使えるモジュールがある)


一応、バイオインフォマティクスが専門であたりするので、

時系列の遺伝子発現データがテストファイルとして、登録されているのも

ありがたい。

使い方というか、実用例に関しては後日。


(G1DBNが使われている論文)
Identification of temporal association rules from time-series microarray data sets

H Nam, KY Lee, D Lee - BMC Bioinformatics, 2009

→R+Pythonでダイナミックベイジアンネットワークを実行する
テストスクリプトはこちら。
http://d.hatena.ne.jp/yanashi/20100202/1265127424

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